Η οργανωτική δομή του ΚΕΚ σύμφωνα με το οργανόγραμμα περιλαμβάνει:

Α. Το Διοικητικό Συμβούλιο: Το Διοικητικό Συμβούλιο αποτελείται από 6 άτομα, 2 από κάθε εταίρο του ΚΕΚ (του Σ.Ε.Β.Ε., του Σ.Β.Β.Ε. και της Δ.Ε.Θ.), τα οποία ορίζονται από τα διοικητικά τους συμβούλια. Τα άτομα μπορεί να είναι τακτικά μέλη ή διατελέσαντα των διοικητικών συμβουλίων των εταίρων.  Πρόεδρος ορίζεται ανά ένα έτος εναλλάξ, ένα από τα τακτικά μέλη των διοικητικών συμβουλίων των εταίρων.

Για το έτος 2011 μέλη του Διοικητικού Συμβουλίου είναι οι:

1. Απόστολος Γενίτσαρης (Πρόεδρος – Εκπρόσωπος Σ.Ε.Β.Ε.)

2. Ιωάννης Σταύρου (Εκπρόσωπος Σ.Β.Β.Ε.)

3. Κωνσταντίνος Μαυράκης (Εκπρόσωπος Δ.Ε.Θ)

4. Βάσω Λούντζη (Εκπρόσωπος Σ.Ε.Β.Ε.)

5. Χρήστος Γεωργίου (Εκπρόσωπος Σ.Β.Β.Ε.)

6. Σωκράτης Αθανασιάδης (Εκπρόσωπος Δ.Ε.Θ)

Το κυριότερο έργο του Δ.Σ είναι η χάραξη της στρατηγικής και γενικότερα πολιτικής, καθώς και η εποπτεία του ΚΕΚ.   

Β. Διευθυντικό, Επιστημονικό και Διοικητικό Προσωπικό:  Το ΚΕΚ απασχολεί Διευθυντή, Διευθύντρια Κατάρτισης, 4 Εκπαιδευτικούς Υπευθύνους (ένας για κάθε θεματικό πεδίο στο οποίο δραστηριοποιείται το ΚΕΚ), Υπεύθυνο προώθησης στην Απασχόληση, Φοροτεχνικό – Λογιστή, Υπεύθυνη Οικονομικής Διαχείρισης, Υπεύθυνη τμήματος Κατάρτισης και Υπεύθυνη τμήματος Ποιότητας .